Göller sayıları itibarlarıyla Doğu Anadolu Bölgesi en zengin bölgedir. O, Türkiye'nin en büyük gölü Van (3.713 km²) havidir. Ayrıca Beyşehir ve Eğridir Gölleri'nin de aralarında olduğu bir çok göl Toros Dağları'nın batısındadır. Önemli göller Türkiye'de ikinci en büyük göl olan Tuz Gölü, Burdur, Sapanca, İznik, Ulubat, Kuş Cenneti olan Manyas, Akşehir ve Eber'dir. Geçen otuz yılda Doğu Anadolu'da barajlar inşa edildiğinden Keban, Karakaya, Atatürk gibi bir çok büyük baraj gölü meydana getirilmiştir.